Томас Андерсон, известный геймдизайнер, живет в мире, где трилогия «Матрица» — это лишь успешная серия игр. Однако странные видения и сбои в реальности намекают на нечто большее. Томас регулярно посещает терапевта и принимает синие пилюли, чтобы подавить беспокойство. Все меняется, когда загадочная хакерша Багз находит его и предлагает ему открыть глаза на правду. Следуя за белым кроликом, он вновь сталкивается с миром Матрицы, где ему предстоит вспомнить свою истинную сущность и вступить в новую битву, чтобы разгадать секреты как прошлого, так и будущего.