Когда Земле угрожает уничтожение, агент Джей узнаёт шокирующую правду: защитный галактический щит, который должен был защитить планету, никогда не был построен. Причина кроется в прошлом — агент Кей погиб в 1969 году, прежде чем успел завершить проект. Чтобы спасти Землю и своего напарника, Джей решается на отчаянный шаг. Он отправляется в прошлое, где встречает молодого Кея. Вместе они должны остановить коварного инопланетного злодея, предотвратить катастрофу и обеспечить безопасность будущего. Но в этой гонке со временем Джей раскрывает тайны, которые навсегда изменят его отношения с напарником и понимание миссии «Людей в чёрном».